Per eccepire l'intervenuta decadenza devi presentare ricorso alla CTP: ciò sta a significare che dovrai intraprendere un contenzioso con il comune.
Nel ricorso chiederai al giudice, in accoglimento dello stesso, di annullare l'atto perché illegittimo a seguito dell'intervenuta decadenza in violazione di legge e chiederai altresì la condanna del comune a rifondere le spese del giudizio.
Se il ricorso verrà ritenuto fondato dal comune molto probabilmente annullerà l'atto in autotutela e si costituirà in giudizio chiedendo al giudice di dichiarare cessata la materia del contendere (nonché di compensare le spese). In caso contrario resisterà in giudizio prendendo posizione in merito, tra l'altro, all'eccezione di intervenuta decadenza.
Stai attento perché il termine per proporre ricorso (60 gg. dalla notifica dell'atto) è perentorio: ciò significa che se fai spirare il termine l'atto diventa definitivo.
Saluti.