Devo rettificare la mia risposta: andando a fare ulteriori ricerche mi sono imbattuto in questo file
http://www.confindustria.pu.it/allegati/notizie/faq.pdf e leggendo a pagina 10 ho potuto dare una risposta al perchè dello scarto della mia fattura. In effetti la fattura che ho fatto era diretta ad una Pubblica Amministrazione, motivo per cui doveva necessariamente essere firmata digitalmente con una firma digitale propria e non con il sigillo dell'AdE (leggendo a pag. 10 infatti dice che il sigillo è valido per fatture ordinarie e semplificate, ma non include quelle verso la PA, per cui devo ritenere che questa sia esclusa. Non ne capisco il senso francamente ma a quanto pare è così).