Più che "può" direi che "deve" versare l'assegno sul conto della società.
Si dovrebbe essere in presenza di un contratto preliminare di compravendita soggetto a registrazione. In questo caso il costruttore non emette fattura pur incassando e versando l'assegno regolarmente ricevuto. La fattura verrà emessa al momento del rogito notarile applicando l'IVA (se soggetta) sul totale, detraendo l'acconto ricevuto quale caparra confirmatoria e incassando il saldo della fattura.