Riferimento: acquisto carburante documentato
L'acquisto di carburante per autotrazione di una ditta, a meno che non sia effettuato da ditta di autotrasporti, va documentato con scheda carburante (o contratto di netting).
Non si capisce, dal quesito, se la ditta sia di autotrasporti, o se si tratti di contratto di netting, ma a occhio direi di no ad entrambe le ipotesi.
Trattandosi di fatture e non di scheda carburante, temo che la deduzione del costo (e la detrazione dell'iva) sia viziata sin dall'origine, e in caso di verifiche potrebbe generare problemi.
In ogni caso, l'autovettura, in generale e salvo casi particolari, dovrebbe detrarre il 40% dell'iva e del costo. art. 164 TUIR