Ci sono alcuni punti di collegamento tra la normativa sulle società di comodo e quella sugli studi di settore: la cause di esclusione per inizio attività, il periodo di non normale svolgimento dell'attività, il valore dei beni strumentali produttivi di ricavi presuntivi.
Tuttavia la specificità delle due discipline rischia di creare confusione tra gli operatori, in conseguenza delle "micro regole" prodotte e valide solo per lo specifico ambito. Quasi tutte le società sono sottoposte ai due strumenti accertativi con particolare criticità per le società immobiliari.