L'adesione alla programmazione fiscale produce una serie di effetti anche in Unico 2006, per quanto attiene il riporto delle perdite, la determinazione del secondo acconto 2006 e l'operatività degli studi di settore. La nuova regola dei 2 anni su tre per i contribuenti in contabilità ordinaria, nella compilazione della dichiarazione, impone l'osservazione delle annualità 2003, 2004 e 2005. Per i contribuenti "naturalmente" in contabilità ordinaria la nuova regola trova però applicazione dal 2004. Bisogna tener conto che la programmazione fiscale consente la definizione dei periodi di imposta 2003 e 2004: eventuali accertamenti basati sugli studi di settore per questi periodi, notificati dopo il perfezionamento della definizione, non rappresentano "nuovi elementi" necessari per giustificare un nuovo accertamento da parte delle Finanze.