Dopo i primi chiarimenti sul patent box giunti con la Circolare n. 36/E/2015, l'Agenzia delle Entrate starebbe lavorando per una seconda circolare di chiarimenti su tale regime fiscale agevolato. Con il nuovo intervento di prassi, le Entrate intendono definire gli aspetti più controversi del patent box considerando che si avvicina la scadenza di fine aprile entro la quale vanno integrate le circa 4.500 istanze di ruling inviate entro il 31 dicembre 2015. Tra i chiarimenti attesi, c'è quello sul se e come la detassazione su marchi, know how e brevetti potrà essere sfruttata, e anche cosa succede a chi ha presentato l’istanza e decide di non proseguire (considerato che il Dm attuativo precisa che «l’opzione ha durata pari a cinque periodi di imposta, è irrevocabile ed è rinnovabile»). Un altro punto chiave da chiarire è l'individuazione dei documenti per calcolare il reddito interno riferito agli intangibles. Infine, un’altra criticità è la rilevanza dei costi infragruppo e della loro imputabilità.
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