Si, ma non lo fai in fattura. La fattura la farai completamente art 36. In sede di liquidazione iva periodica scorporerai dal margine positivo l'iva da sommare al totale iva a debito.
"Per i beni ceduti da soggetti obbligati all'emissione della fattura, la stessa deve indicare il corrispettivo comprensivo dell'IVA, senza separata indicazione di uqest'ultima- nè, tantomeno, del margine - e con la dicitura che si tratta di operazione soggetta al regime del margine, ai sensi dell'art. 36 DL 41/995"