F24 pagato 2 volte ... ma per che cosa? per esempio, se hai pagato due volte l'acconto ti ritrovi un doppio acconto e lo recuperi in dichiarazione. Idem per l'IVA: la recuperi nella successiva liquidazione.
Se invece vuoi ottenere la restituzione del pagamento duplicato ... non è possibile (salvo fare istanza di rimborso: ma allora ti serve anche tanta pazienza).
E' validissima anche la soluzione della modifica del codice tributo per il pagamento duplicato.