Esistono due pronunciamenti ufficiali (risposte a istanze di interpello) contrastanti fra loro:
1) RM 02/09/1991 n. 465082, relativa all'organizzazione di un congresso internazionale in Egitto. Qua si dice che la prestazione rientra tra i servizi "culturali, artistici, scientifici, didattici, sportivi, ricreativi e simili" di cui all'art. 7, comma 4, lett. b), DPR 633/72. Quindi si guarda al luogo dove è resa la prestazione. Nel tuo caso in Svizzera: quindi fattura fuori campo IVA;
2) RM 17/08/1996 n. 189/E (relativa all'organizzazione di convegni). Qua invece si dice che non si tratta di un servizio culturale o didattico reso direttamente, ma di un servizio di natura organizzativa che rientra nella disciplina generica dell'art. 7, comma 3, DPR 633/72. Quindi si guarda alla residenza del prestatore. Nel tuo caso in Italia: quindi fattura con IVA.
Considerando che la seconda è più recente, direi che in base all'orientamento attuale è meglio emettere fattura con IVA.
In ogni caso se l'importo è consistente e hai tempo è sempre possibile fare un interpello per avere la sicurezza: non costa niente.
Anche se probabilmente la risposta che ti daranno è la 2).
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