Riferimento: Differenza IVA Annuale / Elenco
Guarda che sebbene per noi sia un peccato contro natura l'elenco non deve quadrare, va certamente verificato il motivo della differenza per giusto zelo professionale, ma vi sono diversi elementi che non vanno comunicati, quelli con date di registrazione diverse come ti hanno indicato già, inoltre le fatture emesse o ricevute da enti con partita iva 8..... ecc. che potrebbero darti le differenze.
PS
Al mio programmatore ho imposto che procedesse ad una modifica tale da indicarmi le differenze tra la contabilità iva annuale e quanto in elenco non viene considerato, altrimenti fra qualche anno che ti ricordi?
Ciao