In sede di cessione di beni interamente ammortizzati, in fattura va comunque indicato un valore di mercato da cui deriverà una plusvalenza che però per un professionista non concorre alla determinazione del reddito di lavoro autonomo.
Nel caso si tratti di programmi SW di cui si è aquistata la licenza effettivamente anche io concordo che non si possano considerare beni cedibili. Infatti ci sono fondamentalmente due modi per commercializzare un software:
1. La vendita vera e propria (cioè anche delle fonti)
2. La cessione in licenza dove la proprietà del prodotto resta dell'ideatore non di chi acquista la licenza (se ben capiso è il tuo caso).
Per cui al solo fine di farli uscire dalla sfera professionale potresti indicarli in fattura con un valore simbolico e continuare a fruire della licenza come privato.